Creado mediante Resolución 447/2016, el Comité pretende ser un ámbito plural para el debate y el consenso en los análisis que se desprendan de las situaciones que se pudieran generar respecto al funcionamiento del jardín y que excedan las facultades de su Dirección, con la intención final de generar las mejores opciones para el bienestar de los infantes mientas permanecen en las instalaciones.
El Comité está conformado por las autoridades de ambas Prosecretarías, de la Dirección General Administrativa, un representante de los padres o madres de los infantes (elegido cada año mediante voto secreto) y una persona designada para representar a la Anel.